Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из красной и голубой горизонтальной полосы, шириной в соотношении 5:2. В середине красной полосы три кедровые шишки с побегами, а в середине голубой части - рыба; все фигуры выполнены в желто-оранжевых цветах.
Флаг символизирует историко-географические и экономико-политические особенности Шкотовского района.
В Шкотовском районе расположена значительная часть Уссурийского заповедника. Одно из его богатств - крупный массив кедрово-широколиственных лесов. Особое место среди многих представителей флоры этих лесов занимает корейский кедр, обеспечивающий питанием животный мир тайги. Для многих коренных жителей Сибири и Приамурья кедр наравне с лиственницей является священным деревом. Кедровая ветка с шишками символизирует богатство природы Приморского края, связь человека с природой, прошлого с настоящим.